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Phylogenetic Analysis of the Hemagglutinin Genes of Twenty-Six Avian Influenza Viruses of Subtype H9N2 Isolated from Chickens in China during 1996-2001

Hongqi Liu, Xiufan Liu, Jian Cheng, Daxin Peng, Lijun Jia and Yong Huang
Avian Diseases
Vol. 47, No. 1 (Jan. - Mar., 2003), pp. 116-127
Stable URL: http://www.jstor.org/stable/1593212
Page Count: 12
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Phylogenetic Analysis of the Hemagglutinin Genes of Twenty-Six Avian Influenza Viruses of Subtype H9N2 Isolated from Chickens in China during 1996-2001
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Abstract

The complete coding region of hemagglutinin genes from 26 influenza A viruses of H9N2 subtype isolated from chicken flocks in China during 1996-2001 was amplified and sequenced. Sequence analysis and phylogenetic studies of H9N2 subtype viruses on the basis of data of 26 viruses in this study and 71 selected strains available in the GenBank were conducted. The results revealed that all the mainland China isolates showed high homology (94.1%-100%) and were assigned to a special sublineage in the major Eurasian lineage, in contrast to the high heterogeneity of Hong Kong SAR isolates. All the 29 mainland China isolates and six Hong Kong SAR strains also had the following common characteristics: sharing the same sequence of proteolytic cleavage site with one additional basic amino acid, RSSR, with only two exceptions; having the same amino acid motif of the receptor-binding site, YWTNV/ALY; 23 of 28 isolates bearing seven potential glycosylation sites and the remaining five having six; and sharing characteristic deduced amino acid residues Asn-183 at the receptor-binding site and Ser-130 at the potential glycosylation site. We concluded that the H9N2 subtype influenza viruses circulating in chicken flocks in China since the 1990s and Ck/HK/G9/97-like viruses isolated in Hong Kong SAR should have a common origin, whereas Qu/HK/G1/97-like viruses including human strains isolated in Hong Kong SAR might originate from other places. The available evidence also suggests that the H9N2 viruses of special lineage themselves and factors prone to secondary infections may contribute to the widespread and dominant distribution of viruses of this subtype in chicken flocks in China and other Asian countries. /// Se amplificó y secuenció la región completa del genoma que codifica para la proteína hemaglutinina de 26 aislados del subtipo H9N2 del virus de influenza aviar obtenidos en China durante los años 1996-2001. Los análisis de secuencia y filogenético de los virus del subtipo H9N2 fueron realizados utilizando la información obtenida a partir de los 26 virus aislados en este estudio, más la información de otras 71 cepas de virus obtenidas en GenBank. Los resultados mostraron que todos los aislados provenientes de la China continental presentan un nivel alto de homología (94.1%-100%) y por lo tanto fueron designados como un sub-linaje del linaje mayor de Eurasia, en contraste con la alta heterogeneidad encontrada en los aislados provenientes de Hong Kong. Los 29 aislados de China continental y seis de las cepas aisladas en Hong Kong presentan las siguientes características comunes: comparten la misma secuencia en el sitio de proteólisis de la hemaglutinina, la cual presenta la adición de un aminoácido básico, RSSR, con dos excepciones que presentan el mismo agrupamiento de aminoácidos en el sitio de unión al receptor, YWTNV/ALY; 23 de 28 de los aislados poseen siete sitios potenciales de adición de grupos glucósidos en la proteína, mientras que los cinco aislados restantes solo presentan seis sitios potenciales; presentando los aminoácidos característicos Asn en la posición 183 en el sitio de unión al receptor y Ser en la posición 130 en el sitio potencial de adición de un grupo glucósido. Concluimos que los virus de influenza del subtipo H9N2 que circulan en las parvadas de pollos en China desde la década de 1990 y los virus parecidos al Ck/HK/G9/97 aislados en Hong Kong deben tener un origen común, mientras que los virus parecidos al Qu/HK/G1/97, incluyendo a las cepas aisladas en humanos en Hong Kong, pueden haberse originado en otras partes. La información obtenida también sugiere que los virus del subtipo H9N2 de linaje especial, y la presencia de factores que predisponen al establecimiento de infecciones secundarias, pueden contribuir la distribución diseminada y dominante observada en los virus de este tipo en parvadas de pollos en China y otros países asiáticos.

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