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Genotyping of Newly Isolated Infectious Bronchitis Virus Isolates from Northeastern Georgia

Arun B. Kulkarni and Reynaldo S. Resurreccion
Avian Diseases
Vol. 54, No. 4 (December 2010), pp. 1144-1151
Stable URL: http://www.jstor.org/stable/40983042
Page Count: 8
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Genotyping of Newly Isolated Infectious Bronchitis Virus Isolates from Northeastern Georgia
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Abstract

Sixteen infectious bronchitis virus (IBV) field isolates obtained from vaccinated commercial broiler chickens showing clinical respiratory disease were characterized by reverse transcriptase-polymerase chain reaction and sequence analysis of the hypervariable region of the S1 spike glycoprotein gene. The genetic relationship among these variants and reference strains was determined by phylogenetic analysis and use of the basic local alignment search tool. All the isolates formed a distinct phylogenetic group with very short branched distances, suggesting that isolates had a similar origin. All the isolates showed 85% amino acid identity with recently described Australian isolates, particularly N1-62. Given that little was known about this new emergent IBV we have characterized five field isolates by sequencing the entire S1 gene. Multiple sequence alignment of deduced amino acid sequences with commonly used vaccine strains revealed that most substitutions occurred in the 53-148 amino acid region. A possible recombination site with N1-62 isolate was identified between amino acid residues 115-121. All the field isolates shared four or five out of seven amino acid residues with N1-62 in this region as opposed to Ark-DPI and Mass 41 reference strains, which shared only two residues. Results indicate that IBV isolates reported here can be considered as new IBV genotype. Dieciséis aislamientos de campo del virus de la bronquitis infecciosa obtenidos de pollos de engorde comerciales vacunados que mostraban enfermedad respiratoria clínica fueron caracterizados mediante la transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa y por el análisis de la secuencia de la región hipervariable del gen de la glicoproteína S1 de las espículas. La relación genética entre los virus variantes y las cepas de referencia se determinó mediante análisis filogenètico y por el uso de la herramienta de búsqueda por alineación básica local (BLAST). Todos los aislamientos formaron un grupo filogenètico distinto y con distancias ramificadas muy cortas, lo que sugiere que los aislados tenían un origen similar. Todos los aislamientos mostraron una identidad de aminoácidos del 85% con los aislamientos australianos descritos recientemente, en particular con el aislamiento N1-62. Como se sabe muy poco acerca de este nuevo virus emergente de la bronquitis infecciosa, se caracterizaron cinco aislamientos de campo mediante la secuenciación completa del gen S1. El alineamiento múltiple de secuencias deducidas de aminoácidos junto con cepas vacunales comúnmente utilizadas reveló que la mayoría de las sustituciones se produjeron en la región entre los aminoácidos 53 al 148. Se identificó un sitio de recombinación posible con el aislamiento N1-62 entre los residuos de aminoácidos 115-121. Todos los aislamientos de campo compartieron cuatro o cinco de los siete residuos de aminoácidos con la cepa N1-62 en esta región en comparación con las cepas de referencia Ark-DPI y Mass 41, que sólo comparten dos residuos. Los resultados indican que los aislamientos del virus de la bronquitis infecciosa reportados en este trabajo pueden ser considerados como nuevos genotipos de dicho virus.

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