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RETICULATE ANCESTRY IN MEXICAN GAUDICHAUDIA (MALPIGHIACEAE) ANALYZED WITH RAPD's AND SOUTHERN HYBRIDIZATION

Steven L. Jessup
Madroño
Vol. 49, No. 4 (OCTOBER-DECEMBER 2002), pp. 256-273
Stable URL: http://www.jstor.org/stable/41425476
Page Count: 18
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RETICULATE ANCESTRY IN MEXICAN GAUDICHAUDIA (MALPIGHIACEAE) ANALYZED WITH RAPD's AND SOUTHERN HYBRIDIZATION
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Abstract

Evidence of relationships based on randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) data combined with information about cpDNA haplotypes can be used to resolve details of reticulate ancestry in an otherwise intractable polyploid complex in Gaudichaudia (Malpighiaceae). Robust inference of genetic relationships among taxa, however, depends critically on two assumptions: (1) character states compared among taxa are homologous, and (2) characters scored as different are independent. Application of randomly amplified DNA methods, such as RAPD's, have largely made these assumptions without testing them. In this study I use RAPD's to elucidate relationships among lineages and to infer reticulate ancestry of amphiploid lineages in Gaudichaudia. I test the assumption that comigrating RAPD fragments are homologous using hybridization of radio-labeled RAPD fragments probed against blots of randomly amplified DNA as an indicator of homology. The probes bind strongly only to fragments on the blots having sequence homology. Results demonstrate that all gel fragments included in the analysis meet the assumption of homology. Gel fragments can therefore be reliably scored directly as characters. The assumption of independence of RAPD fragments is also explored. Although multiple fragments with strong sequence homology appear in most blots, gel-visualized fragments are generally independent. La evidencia de relaciones basadas en datos de DNA polimórfico aleatoriamente amplificado (RAPD) combinados con información sobre haplotipos cpDNA se puede utilizar para resolver detalles, de otra manera insuperables, de ascendencia reticulada en un complejo poliploide en Gaudichaudia (Malpighiaceae). La solida inferencia de relaciones genéticas entre especies, sin embargo, depende críticamente de dos supuestos: (1) los estados del carácter comparados entre grupos taxonómicos son homólogos, y (2) los caracteres anotados como diferentes son independientes. El uso de los métodos de DNA amplificado aleatoriamente, tales como los RAPD's, ha hecho estas asunciones en gran parte sin probarlas. En este estudio utilizo RAPD's para aclarar relaciones entre linajes y para deducir la ascendencia del reticulado de linajes de anfiploides en Gaudichaudia. Pongo a prueba la asunción de que los fragmentos comigrantes de RAPD son homólogos usando la hibridación de fragmentos RAPD marcados radiactivamente como testigos contra manchas de DNA aleatoriamente amplificado como un indicador de la homología. Los testigos se adhieren fuertemente solamente a aquellos fragmentos dentro de las manchas que tienen homología de secuencia. Los resultados demuestran que todos los fragmentos del gel incluidos en el análisis cumplen con la asunción de la homología. Los fragmentos de gel se pueden por lo tanto contar confiablemente directamente como caracteres. También se explora la asunción de independencia de los fragmentos de RAPD. Aunque los fragmentos múltiples con fuerte homología de secuencia aparecen en la mayoría de las manchas, los fragmentos gel-visualizados son generalmente independientes.

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